הקמת מועצת המאפיה וסינדיקט הפשע הלאומי

לוצ'יאנו עמד בראש מועצת המאפיה עד שנת 1957, אז השתלט על המועצה (לאחר שהשתלט על משפחת לוצ'יאנו) דון ויטו ג'נוביז האכזרי, בעזרתם האדיבה של הבוס של משפחת גגליאנו טומי לוקזי והאנדר-בוס של משפחת מנג'אנו, קרלו גמבינו. בשנת 1962 הורשע ג'נוביז ונשלח לכלא ואת מקומו בראש המועצה תפס קרלו גמבינו, שלאחר שהאינטרסים המשותפים שלו עם דון ויטו ג'נוביז הסתיימו (בהכתרתו לבוס של משפחת מנג'אנו לאחר חיסול הבוס הקודם אנסטסיה), חזר להיות יריבו. אחרי הכל גמבינו היה בן טיפוחיו של לוצ'יאנו השונא הגדול ביותר של ג'נוביז.

באותה שנה גם הלך לעולמו ג'וזף פרופצ'י והותיר את ג'וזפה בוננו כשריד היחיד מהמועצה המקורית, מה שכנראה גרם לו לנסות ולהשתלט על המועצה. אלא שכדי לעשות זאת היה על בוננו להיפטר משני הבוסים החזקים של אותה תקופה, בוס כל הבוסים גמבינו ובן בריתו הנאמן הבוס טומי לוקזי. כדי לעשות זאת הוא רקם מזימה ביחד עם יורשו של פרופצ'י, ג'וזף מגליוקו, וביחד שלחו השניים למשימת החיסול את המחסל של משפחת פרופצ'י, ג'וזף קולומבו. אבל קולומבו, לא רק שלא יצא לחסל את גמבינו ולוקזי, אלא הוא פשוט הלך ישר והפליל את שני הבוסים ששלחו אותו למשימה. בוננו ומגליוקו נקראו להופיע בפני המועצה כדי להודות בתוכנית שרקמו למהפכה במועצת המאפיה. מגליוקו, שהיה חלש וגם חולה מאוד, הופיע בפני המועצה, זכה לרחמיה, נקנס בחמישים אלף דולר, הועבר מתפקיד הבוס של המשפחה ומת חודש לאחר מכן באופן טבעי. בוננו לא הופיע, נעלם מעל פני האדמה, חזר אחרי שנתיים וסיפר שנחטף אך לא ידע לומר בידי מי ולמה.

בכל מקרה, את המהפכה שלו לא הצליח בוננו לבצע והשליטה במועצה נותרה בידיהם של גמבינו ובן בריתו (שהפך גם לקרוב משפחתו עם נישואי ילדיהם) לוקזי. כראש המועצה, או בוס כל הבוסים, חיסל גמבינו שניים מעמיתיו – תומס אבולי הבוס החלש של משפחת ג'נוביז וג'וזף קולומבו הבוס של המשפחה שנשאה כעת את שמו (לשעבר משפחת פרופצ'י). את קולמבו, האיש שבזמנו נשלח לחסל אותו והסגיר את שולחיו, חיסל גמבינו משום שמשך תשומת לב רבה מדי. אגב, כאשר שב ג'וזף בוננו בשנת 1964 מהחטיפה שהיתה או לא היתה, הוא גילה כי מועצת המאפיה הציבה בראש המשפחה בה עמד יותר משלושים שנה אדם אחר, גספר דיגרגוריו. בוננו לא הסכים לוותר וניסה לתפוס מחדש את ראשות המשפחה, במה שהוביל למלחמה שנודעה כמלחמת הבננות ('bananas war'), בין "הבננות" - נאמני בוננו, לבין אנשי די גרגוריו, שנמשכה עד שנת 1968. המלחמה הפנימית בתוך משפחת בוננו החלישה אותוה עד כדי כך שבתחילת שנות השבעים אפילו איבדה המשפחה את המושב שלה במועצת המאפיה, עלבון צורב ועניין בעל משמעות כה רבה שאפילו אין צורך להסביר.

גמבינו מת בשנת 1976 ויורשו כבוס המשפחה, שהיתה אז החזקה מבין חמש המשפחות, פול קסטליאנו היה גם לראש המועצה. אלא שקסטליאנו כבוס היה יותר איש עסקים מאשר גנגסטר. הוא חי באחוזה בפרבר יוקרתי בסטאטן איילנד ורק לעיתים רחוקות הטריח עצמו לברוקלין, מעוז המשפחה, או לחלקים האחרים של העיר. הוא נחשב מתנשא, מרוחק, לא מחובר לשטח וכנראה הכבוד של בוס כל הבוסים או ראשות המועצה לא ממש עניינו אותו. מי שנחשב אז לראש המועצה היה הפרונט-בוס של משפחת ג'נוביז אנתוני סלרנו.

בשנת 1985 חוסל הבוס השנוא קסטליאנו על-ידי הקאפו הבכיר של משפחת גמבינו, ג'ון גוטי. אבל כמה שקסטליאנו היה שנוא, חיסול של בוס ללא אישור המועצה היה כמובן דבר אסור בהחלט על-פי חוקי המאפיה, והמחיר ששילם גוטי על חיסולו של קסטליאנו היה אי הכרה מצד המועצה במעמדו כראש משפחת גמבינו. העובדה כי הדבר לא מנע מגוטי להשתלט על המשפחה ולהוביל אותה כמעט שני עשורים עד מותו, מעידה יותר מכל על מעמדה של מועצת המאפיה בשנות השמונים: גוף ללא שיניים שלמעשה כבר אף אחד לא ממש סופר אותו והוא יותר מועדון חברים/אויבים מאשר ארגון אפקטיבי ובעל משמעות.

מתישהו בתחילת שנות השמונים הצליח ה-F.B.I לשתול מכשירי האזנה במשרדו של אנתוני סלרנו, מה שהביא בשנת 1985 למעצרו ולמעצרם של בוסים נוספים מניו יורק, ולהגשת כתב אישום בן 151 סעיפים נגדו, באשמת חברות במאפיה וניהול פשע מאורגן. כתב האישום הוביל ל"משפט המועצה" ("Commission Case") המפורסם של שנת 1986, אותו ניהל התובע המחוזי של ניו יורק, רודי ג'וליאני, לימים ראש העיר שהתפרסם בזכות מאבקו בפשיעה בעיר ובניהול אירוע נפילת מגדלי התאומים בשנת 2001. בהמשך, הבוס האמיתי של משפחת ג'נוביז, וינסנט גיגנטה, שהתחזה במשך שנים למשוגע והסתובב עם נעלי בית ופיג'מה ברחובות מנהטן, הפף גם לבוס הדומיננטי במועצה מכוח היותו הבוס של המשפחה הגדולה והחזקה בניו יורק, אך לדבר כבר לא היתה משמעות אמיתית מבחינת פעילות המועצה. 

לפי השמועות, היום המועצה קיימת אך פעולת באופן רופף וחברים בה ראשי חמש המשפחות של ניו יורק, האאוטפיט של שיקגו והמשפחה מפילדלפיה (משפחת סקרפו).