ארבע חקירות רשמיות נערכו בניסיון לפענח את רצח הנשיא קנדי (בנוסף לעוד עשרות בלתי רשמיות). הראשונה, ועדת וורן, החלה את חקירתה שבועיים לאחר הרצח. היא ראיינה ושמעה מאות עדים ולאחר כמעט שנה פרסמה את מסקנותיה שקבעו כי לי הארווי אוסוואלד פעל לבדו, הוא היה היורה היחיד ולא היה קשר בינו לבין ג'ק רובי, שרצח אותו כנקמה על רצח הנשיא. מסקנות הוועדה היו כי לא היה קשר לרצוח את הנשיא ושהרוצח אוסוולד פעל ממניעים אידיאולוגיים. הוועדה גם לא מצאה קשר בין ג'ק רובי לבין קרלוס מרצ'לו או המאפיה.
אלא שמהרגע הראשון מסקנות ועדת וורן נדחו על-ידי רוב הציבור האמריקאי, אשר היה נתון בתחושה שגורם חזק יותר, גדול יותר ובעל אינטרס ברור יותר מאשר היורה הבודד אוסוולד, עומד מאחורי רצח הנשיא קנדי (לימים פורסמה גם הקלטה של הנשיא ניקסון בבית הלבן, אומר שמסקנות ועדת וורן הן המתיחה הגדולה ביותר שהונצחה אי פעם).
תחושה זו הפכה לנחלת הכלל בשנת 1968, השנה בה נרצח אחיו של הנשיא המנוח, התובע הכללי רוברט קנדי. ברקע הדברים עמדו הגילויים החדשים שנתגלו לציבור האמריקאי, במסגרת העדויות בפני ועדת מקלילן, אודות זרועות התמנון של המאפיה ופעילותה החוקית והבלתי חוקית, וכן חשיפתם המדהימה של הקשרים בין המאפיה לבין סוכנות הביון המרכזית (ה-CIA) שנועדו להוציא לפועל את חיסולו של מנהיג קובה פידל קסטרו, אויב מר של המאפיה, לא פחות מאשר של הממשל האמריקאי. אם המאפיה וה-CIA חברו יחדיו לחסל את קסטרו, אולי נכון הדבר גם לגבי חיסול הנשיא קנדי?
במשך הזמן הלחץ הציבורי הלך וגדל (בינתיים חוסל גם המנהיג השחור מרטין לותר קינג והתהיות שמא יש קשר בין כל החיסולים הפוליטיים האלה הלכו וגברו) ובשנת 1976 מינה בית הנבחרים ועדה מיוחדת לחקירת מותם של האחים קנדי ושל קינג. מסקנותיה של ועדה זו, בניגוד לאלה של ועדת וורן, היו כי אמנם אוסוולד היה היורה שפגע בנשיא, אך הוא הוא לא פעל לבד (כדור נוסף שפגע בנשיא נורה מכיוון אחר) ושרצח הנשיא קנדי היה קרוב לוודאי תוצאה של קשר. מי היו הקושרים, מי היה היורה הנוסף ומה היה המניע? את זאת הוועדה לא הצליחה (או לא רצתה) לקבוע באופן רשמי. בכל מקרה, תאוריית הקשר החליפה כעת באופן רשמי את תיאוריית היורה הבודד.
באופן בלתי רשמי מסקנת הוועדה היתה כי המאפיה אחראית לרצח. האיש שעמד בראש הוועדה, רוברט באקלי, פרסם בשנת 1981 ספר בשם "הקשר להרוג את הנשיא" ("The Plot to Kill the President"), בו הוא טען כי החשודים בעיני הוועדה בקשר לחסול הנשיא קנדי היו הבוסים קרלוס מרצ'לו, סנטו טרפיקנטה וסאם ג'יאנקנה, בשיתוף פעולה עם ג'ימי הופה. כמו כן טען באקלי כי היורה, לי הארווי אוסוולד, לא פעל לבדו אלא היה עוד לפחות מחסל אחד שירה מגבעה סמוכה בפארק העירוני של דאלאס, שמתחתיה עברה שיירת הנשיא קנדי ברגע החיסול, וכן שגם אוסוולד וגם ג'ק רובי היו קשורים למאפיה, ורובי חיסל את אוסוולד בהוראת הבוסים. תאוריה זו קיבלה תוקף גם מפיו של ביל בוננו, בנו של הבוס הניו-יורקי האגדי ג'וזף בוננו, בספר שכתב.
בין לבין (בסוף שנות השישים) ניהל גם התובע הכללי של דאלאס חקירה משלו (עליה מבוסס סרטו של אוליבר סטון משנת 1991 – "JFK תיק פתוח"), אך גם זו לא הצליחה להביא לפתרון התעלומה. מה שכן יצר סרטו של סטון, הוא דיון ציבורי מחודש בחשדות סביב רצח הנשיא קנדי, מה שהביא את בית הנבחרים בשנת 1992 להקים ועדת חקירה נוספת: "ועדה לעיון מחדש ברשומות הנוגעות להתנקשות". וועדת המומחים, שהיתה כפופה רק לנשיא ארה"ב, בחנה את כל הרשומות (הידועות) הנוגעות לרצח שנמצאו בידי הרשויות והחליטה לגבי כל מסמך אם לפרסמו לציבור.
הוועדה לעיון מחדש פעלה במשך שש שנים וסיימה את עבודתה בשנת 1998. היא ראיינה מאות אנשים, פרסמה אלפי מסמכים שהיו חסויים עד אז, המליצה המלצות אך למרות כל זאת לא הצליחה לאשר או להפריך אף אחת מהתיאוריות הרבות בקשר לרצח הנשיא קנדי.