התובע המחוזי רודולף ג'וליאני
שנות השמונים מסמנות את תום תקופת הזוהר של הקוזה נוסטרה. הסמל אולי הבולט ביותר לכך הוא משפט מועצת המאפיה שהחל בחודש ספטמבר 1986 בבית המשפט הפדרלי במנהטן. עם תחילת המשפט הכריז התובע הכללי רודולף (רודי) ג'וליאני, לימים ראש העיר, שנודע במאבקו בפשע וכגיבור ארועי הפיגוע במגדלי התאומים בספטמבר 2001, כי מטרתו היא למחוק את המאפיה. אז בדיעבד אולי המאפיה לא נמחקה, אך היא בהחלט לא חזרה להיות מה שהיתה לפני כן. ראש המחלקה הפלילת של ה-FBI בניו יורק אמר לאחר המשפט שכל ראשי המאפיה נמצאים עכשיו או בקבר או בדרך לבית הסוהר. גם זה לא היה לגמרי מדויק, כי שני הבוסים החזקים ביותר של המאפיה באותו זמן, הראש החדש של משפחת גמבינו - ג'ון גוטי, והבוס הסודי של משפחת ג'נוביז - וינסנט ג'יגנטה, עדיין הסתובבו חופשי ובחיים, אך המשפט ללא ספק סימן את סיומה של תקופה.כמובן שמאפיונרים בכירים ואפילו ראשי משפחות הועמדו לדין במשך עשרות שנות פעילותה של המאפיה האיטלקית בארה"ב, אך מעולם קודם לכן לא נעצרו והועמדו לדין ביחד, זה לצד זה, ראשי חמש משפחות המאפיה הכל יכולות של ניו יורק, הבוסים ששלטו בעולם התחתון (וגם העליון) של העיר הגדולה וגם הרחק מחוץ לה: פול (ביג פול) קסטליאנו הבוס של משפחת גמבינו ומי שנחשב אז לראש מועצת המאפיה, אנתוני (פאט טוני) סלרנו הבוס של משפחת ג'נוביז ומי שנחשב למאפיונר העשיר ביותר, קרמיין (ג'וניור) פרסיקו הבוס שניהל מתוך הכלא את משפחת קולומבו, אנתוני (טוני דאקס) קוראלו הבוס הוותיק של משפחת לוקזי ופיליפ (ראסטי) רסטלי הבוס הערמומי של משפחת בוננו. עד כמה שזה יישמע מדהים, שנים רבות לאחר שימוע קפאובר שחשף את פעילות המאפיה האיטלקית בארה"ב, עדות ג'וזף ואלאצ'י שגילה לעולם את שמה (לה קוזה נוסטרה) ויציאתם לאור של סרטי מאפיה ובראשם כמובן הסנדק, עדיין היו מי שטענו שהמאפיה כלל אינה קיימת. עבור אלה סיכם ג'וליאני את המשפט באמרו: "כבר אי אפשר לומר יותר שמדובר בתאוריה של התובע. הוכח כאן מעבר לכל ספק סביר כי המאפיה קיימת, הקוזה נוסטרה קיימת".
אבל זה לא היו רק הבוסים הגדולים שנעצרו והועמדו לדין במשפט המועצה. ביחד עם הבוסים נעצרו בפברואר 1985 גם כרישי פשע כמו אניילו (מיסטר ניל) הקאפו הבכיר של משפחת גמבינו, ג'נרו (ג'רי לאנג) לנג'לה האקטנג-בוס של משפחת קולומבו, כריסטופר (כריסטי טיק) פורנרי הקונסיליירי של משפחת לוקזי, סאל (טום מיקס) סנטורו האנדרבוס של משפחת לוקזי, רלף (רלפי) סקופו איש משפחת קולומבו שניהל את "מועדון הבטון" של המועצה (עסקי הבטון והבניה בניו יורק סיטי שנשלטו באופן מוחלט ע"י המאפיה) והרוצח אנתוני (ברונו) אינדליקטו, איש משפחת בוננו (ובנו של הקאפו האגדי של המשפחה אלפונס (סאני רד) אינדליקטו) שחיסל עבור המועצה את הבוס האכזר והשאפתן של משפחת בוננו בסוף שנות השבעים קרמיין (לילו הסיגר) גלנטה. מייקל צ'רטוף, התובע הראשי במשפט, הגדיר את הנאשמים כמי שלא פחות ולא יותר הורו על "ביצוע הפשעים הגדולים והאכזרים ביותר בהיסטוריה של ארצות הברית".
מלבד רסטלי שנשפט בסופו של דבר בנפרד (ונידון בשנת 1987 ל-12 שנות מאסר לאחר שהורשע בסחיטה ובעבירות נוספות על חוקי RICO), דלקרוצ'ה שנפטר מסרטן בדצמבר 1985 וקסטליאנו שחוסל שבועיים לאחר מכן, כל יתר הנאשמים הורשעו בחודש נובמבר 1986 בכל 151 סעיפי האישום שהוגשו נגדם ובחודש ינואר 1987 נידונו בבית המשפט הפדרלי של מנהטן לתקופות מאסר ארוכות: אנתוני אינדליקטו (בן 38), היחיד מבין הנאשמים שהורשע ברצח, נידון דווקא לעונש ה"קל" ביותר - 45 שנות מאסר. קרמיין פרסיקו (בן 53) שהורשע בניהול משפחת פשע ובסחיטה נידון לעונש הכבד ביותר - 139 שנות מאסר. אנתוני סלרנו (בן 75), אנתוני קוראלו (בן 73), ג'נרו לנג'לה (בן 47), כריסטופר פורנרי (בן 62), סאל סנטורו (בן 72) ורלף סקופו (בן 58), שהורשעו כולם בניהול משפחת פשע, סחיטה והלוואות בריבית קצוצה נידונו לעונש של 100 שנות מאסר כל אחד. לעומת הדמעות שזלגו על לחייה של דוברת חבר המושבעים כשהקריאה את פסק הדין, פניהם של הנאשמים לא זעו למשמע ההחלטה המרשיעה.
עם זאת, העונש הכבד והעגול הביא את סאל סנטורו להציע במרירות לבטל את ה"לחיים" האיטלקי המפורסם - הברכה האיטלקית בהרמת כוסית - Cent'Anni - שמשמעותה שנחייה עוד 100 שנה. אגב מושבעים, חבורת המושבעים (שבע נשים וחמישה גברים) נבחרה שבוע בלבד לפני תחילת המשפט כדי שלא ניתן יהיה להגיע אליהם ולהשפיע עליהם. שמותיהם היו לסוד הכמוס ביותר של ה-FBI באותה תקופה, כל אחד מהם קיבל מספר וכך לא ניתן היה לזהות אותם, להגע אליהם או להשפיע עליהם במהלך המשפט או אחריו. עם או בלי קשר, חמישה ימים לקח לחבר המושבעים לגבש את החלטתו ולהרשיע את הנאשמים.
משפט מועצת המאפיה היה כמובן פרי עבודה מאומצת ביותר של ה-FBI אשר הצליח באמצעות סוכנים חשאיים, מעקב צמוד והפעלת האזנות להשיג ראיות שיאפשרו את מעצרם והרשעתם של ראשי המאפיה אשר היו מצויידים כמובן בטובי עורכי הדין (למעט קרמיין פרסיקו אשר עם תחילת המשפט הודיע כי הוא אינו סומך על איש ולכן מתכוון לייצג את עצמו). בין היתר הוצבו מכשירי האזנה בביתו הפרטי של פול קסטליאנו (אחוזה מפוארת בפרבר של סטייטן איילנד שקסטליאנו נהג לעזוב רק לעיתים רחוקות ורק בה ערך את פגישותיו); במכונית היגואר של אנתוני קוראלו (אשר רק בה ובזמן נסיעה ברחבי העיר הוא נהג לקיים את פגישותיו בענייני הקוזה נוסטרה); במועדון החברים 'פלמה בויס' של אנתוני סאלרנו במזרח הארלם; בתקרה מעל השולחן הקבוע של ג'נרו לאנג'לה במסעדת 'קסה סטורטה' בברוקלין, לשם נהג להזמין את עמיתיו כדי לדבר עסקים, ובמשרדי איגוד עובדי הבטון של ניו יורק משם ניהל רלף סקופו את ענייניו. היחיד מבין הנאשמים של נתפס מדבר במכשירי ההאזנה של ה-FBI היה קרמיין פרסיקו, אשר את רוב חייו בילה בכלא ועל כן מעולם לא דיבר בקול על ענייני המאפיה, אלא העביר את הוראותיו באוזן לשליחים נאמנים שמסרו את הדברים בשמו.
מכשירי ההאזנה לימדו את חוקרי ה-FBI רבות על פעילות מועצת המאפיה, בעיקר על שליטתה המוחלטת בענף הבנייה ובשוק הבטון של העיר הגדולה, והרווחים שלה מבנייתו של כל מבנה ומבנה בעיר, אך גם על יתר עסקי המאפיה ובכלל זה סחיטה, הלוואות בריבית, הימורים ורצח, ענייניה הפנימיים כמו חלוקת טריטוריות, קבלת חברים חדשים, פתרון סכסוכים פנימיים, הוצאת חוזים על ראשם של אנשים בתוךך ומחוץ לארגון ומתן אישורים לחיסולים. בנוסף איפשרו ההקלטות הצצה להלכי הרוח והמחשבה של הבוסים. כך במקרה אחד נשמע הבוס סלרנו אומר למישהו: "תגיד לו המועצה מניו יורק, תגיד לו שהוא מתעסק עם המועצה מניו יורק. הוא מתעסק עם הילדים הגדולים עכשיו". במקרה אחר נשמע הבוס קוראלו מתעצבן על חבורה שעסקה בסחר סמים ומוסיף "חייבים להרוג אותם". מלבד האזנות, הציגה התביעה גם אלפי שעות תצפית, מספר משתפי פעולה וסוכנים סמויים אשר תיארו את מועצת המאפיה כממשלה או ועד מנהל של ארגון מסודר המורכב בעיקר מראשי משפחות הפשע של ניו יורק ומארגן את כל הפעילות הקרימנאלית של המאפיה בניו יורק ובמקומות אחרים, וכן מספר רב של עדים אשר העידו בעיקר בקשר לעסקי הסחיטה וההשתלטות על ענף הבטון והבניין בעיר הגדולה. מנגד, פרקליטי ההגנה טענו כמובן שאין בכלל דברים כאלה מאפיה או מועצת מאפיה, ושכל הראיות שהציגה התביעה הן נסיבתיות, מופרכות ולא רלוונטיות.
כמצופה מאירוע מסוג זה, היה המשפט אירוע תקשורתי ענק שמשך את העיתונאים וסיפק לציבור הרחב אפשרות להציץ בבוסים הצבעוניים של הקוזה נוסטרה ובעולם האמיתי שמאחורי המיתוסים והאגדות שנקשרו למאפיה. המרוויח הגדול ביותר ממשפט המועצה היה ללא ספק התובע הכללי רודי ג'וליאני, אשר נישא על גבי הצלחתו במאבק במאפיה היישר אל כסאו הרם של ראש העיר החשובה בעולם. בשנת 1989, כשנתיים לאחר שהסתיים משפט המועצה, נבחר ג'וליאני הפופולרי לראשות העיר ניו יורק.
אנתוני סלרנו (שני מימין) ואנשיו בכניסה למועדון החברתי Palma Boys בהארלם הספרדית